Lietuviškos kilmės pavardė, kildinama iš žodžio „pupkus“ – tai pupelių ar pupų kuokštas, ankštis. Gali būti susijusi su žemės ūkio veikla.
Įžymūs žmonės su šia pavardė:
- Algirdas Pupkus – Lietuvos teatro aktorius.
- Marius Pupkus – Lietuvos krepšininkas.
Pavardė dažniausia Lietuvoje, ypač Vilniaus ir Kauno regionuose.