Pavardė „Mertynaitis“ yra lietuviška, kilusi iš asmenvardžio Mertinas, kuris savo ruožtu siejamas su vardu Martynas (lot. Martinus). Tai patroniminė pavardė, reiškianti „Mertino sūnus“. Dažniausiai paplitusi Lietuvoje, ypač Utenos, Anykščių, Ukmergės regionuose.
Įžymūs žmonės:
- Kazys Mertynaitis (1907–1954) – poetas, vertėjas.
- Valdas Mertynaitis (g. 1958) – politikas, buvantis Seimo narys.
- Ričardas Mertynaitis (g. 1989) – futbolininkas (saugas).