Lietuviška pavardė, kilusi iš asmenvardžio Kista arba Kistantas. Galimai siejama su žodžiu „kistas“ (kruvinas, raudonas). Istoriko Simono Daukanto versija – iš žodžio „kysti“ (pykti, įsiūsti).
Įžymūs žmonės:
Kazys Kistaitis – partizanas, rezistentas.
Juozas Kistaitis – kunigas, visuomenės veikėjas.
Marijonas Kistaitis – teisininkas, MRU rektorius.
Rimantas Kistaitis – politikas, buvęs LR sveikatos apsaugos viceministras.