Lietuviška pavardė „Berkubėnas“ yra kilusi iš žodžio berkubas (vandens paukštis, gulbė gąsinė). Tai prievardinė pavardė, galėjusi atsirasti pagal asmens panašumą į šį paukštį arba pagal jo veiklą.
Įžymiausias jos turėtojas – Marius Berkubėnas (g. 1977 m.), Lietuvos futbolo treneris ir buvęs žaidėjas (vartininkas), treniravęs nacionalinę rinktinę bei „Žalgirio“ klubą.