Vybernaitis – lietuviška pavardė, kilusi iš žodžio vybernas (iš sen. rusų выборный – „išrinktasis“), reiškiančio senovės Lietuvoje išrinktą kaimo seniūną ar atstovą. Tai profesinis pavardės variantas, nusakantis žmogaus pareigas ar socialinį statusą.
Įžymūs žmonės su šia pavarde:
- Vytautas Vybernaitis (g. 1956 m.) – Lietuvos ir Kauno politikas, buvęs vicemeras.
- Ričardas Vybernaitis (g. 1958 m.) – Lietuvos ir Šakių politikas, buvęs viceministras.
- Gintaras Vybernaitis (g. 1967 m.) – Lietuvos ir Kauno verslininkas, politikas.
Pavardė dažniausia Kauno ir Šakių regionuose.