Pavardė „Šnipaitis“ yra lietuviška, kilusi iš žodžio „šnipas“ (slapyvardis, seklys). Tai patroniminė pavardė, galinti rodyti protėvio užsiėmimą arba pravardę. Žymiausias jos turėtojas – Eduardas Šnipaitis, Lietuvos krepšininkas, žaidęs Kauno „Žalgiryje“ ir nacionalinėje rinktinėje.