Lietuviška pavardė, kilusi iš asmenvardžio Šeipas (sutrumpinta Šeimynas arba Šeimantas). Galutinis -ūnas yra būdingas lietuviškų pavardžių priesaga. Pavardė reiškia Šeipo sūnus arba iš Šeipo giminės.
Įžymūs žmonės:
Kęstutis Šeipūnas – politikas, buvantis LR sveikatos apsaugos viceministras.
Justinas Šeipūnas – krepšininkas, žaidžiantis Alytaus "Dzūkijos" komandoje.