Kilusi iš lietuviško žymėjimo „šagūnas“, kuris reiškia šieno pjovėją, šienautoją arba pjovėjo padėjėją. Tai buvo profesinė pavardė, nusakanti žmogaus užsiėmimą.
Istorijoje žymi asmenybė – Mikalojus Šagūnas (apie 1750–1813), vienas pirmųjų lietuviškų operos solistų, dainavęs Varšuvos ir Vilniaus teatruose.
Trumpai: pavardė atspindi seną žemės ūkio profesiją, o garsiausias jos turėtojas – operos dainininkas Mikalojus Šagūnas.