Pavardė „Stončaitis“ yra lietuviška, kilusi iš asmenvardžio Stončius. Pastarasis greičiausiai yra trumpinys iš Stanislovo arba Stasio. Galūnė „-aitis“ nurodo sūnų arba kilimą iš tam tikros vietos, tad pavardė reiškia „Stončiaus sūnus“. Garsiausias jos turėtojas – aktorius ir režisierius Kostas Stončaitis (g. 1968 m.), žinomas vaidmenimis teatre, kine („Zero 2“, „Vienui vieni“) ir kaip LRT laidų vedėjas.