Lietuviškos kilmės pavardė, kurią galima interpretuoti kaip kilusią iš žodžio „sluoksnis“ – galbūt nusakanti žmogų, dirbusį su sluoksniuotomis medžiagomis (pvz., odos, audinio) arba turintį kokių nors sluoksnių. Gali būti ir asmenvardinis variantas.
Istoriniuose šaltiniuose minimas Mykolas Sluoksnaitis (apie 1545–1613) – vienas pirmųjų žinomų Lietuvos raštininkų, vertėjas, humanistas, dirbęs LDK kanclerių L. Sapiegos ir J. Chodkevičiaus rūmuose.