Lietuviškos pavardės „Paunksnys“ kilmė siejama su žodžiu paunksnė (šešėlis, tamsa). Tai buvusi pravardė, galėjusi reikšti žmogų, gyvenantį tamsoje (pvz., miške), arba turintį tamsų, šešėlinį veidą, plaukus.
Žymūs žmonės:
- Marius Paunksnys – Lietuvos krepšininkas.
- Tomas Paunksnys – Lietuvos futbolo teisėjas.
Pavardė dažnesnė Utenos ir Šiaulių kraštuose.