Lietuviškos pavardės „Mirklis“ kilmė siejama su žodžiu „mirkti“ (mirkyti, sudrėkinti). Ji galėjo atsirasti kaip pravardė žmogui, kuris dažnai mirko, dirbo su vandeniu ar gyveno drėgnoje vietovėje.
Žymiausias šios pavardės žmogus – Hansas Georgas Mirkelis (vok. Hans Georg Mirkel), XVI a. Prūsijos evangelikų liuteronų kunigas ir reformatorius, Martyno Liuterio bendražygis. Jis aktyviai dalyvavo kuriant pirmąsias lietuviškas knygas, redagavo ir leido religinę literatūrą lietuvių kalba.