Pavardė „Milkintas“ yra lietuviška, kilusi iš asmenvardžio „Milkintas“. Tai buvęs krikšto vardas, greičiausiai iš slaviškos kilmės (plg. lenk. Milkent, Miłkent). Pavardės galūnė „-as“ rodo, kad ji buvo sudaryta kaip patronimas (pvz., „Milkinto sūnus“).
Istorijoje žymiausias šios pavardės asmuo yra Kazys Milkintas (1911–1986) – Lietuvos žurnalistas, redaktorius, visuomenės veikėjas, daug metų dirbęs išeivijoje (JAV).