Pavardė „Merkininkas“ kilusi iš vietovardžio Merkinė (Dzūkijoje), nurodanti asmens kilmę iš to miesto ar apylinkių. Istoriškai tai buvo vietos gyventojų, dažniausiai bajorų, pavardė.
Įžymūs žmonės su šia pavarde:
- Mykolas Merkininkas – LDK valstybinis veikėjas, Merkinės seniūnas (XVI a. pabaiga – XVII a. pradžia);
- Jonas Merkininkas – 1863 m. sukilimo dalyvis, vienas sukilėlių vado A. Mackevičiaus adjutantų.
Pavardė siejama su konkretaus regiono (Dzūkijos) identiteto ir istoriniu paveldu.