Pavardė „Markeliūnas“ yra lietuviška, kilusi iš krikšto vardo Markas (lot. Marcus) arba jo trumpinių (Markelis, Markė). Priesaga -iūnas nurodo kilmę arba sūnų (pvz., Marko sūnus). Tai patroniminė pavardė, paplitusi Lietuvoje.
Įžymūs žmonės su šia pavarde:
– Gintaras Markeliūnas, Lietuvos krepšinio treneris.
– Ričardas Markeliūnas, politikas, buvęs Šilutės meras.
– Stasys Markeliūnas, inžinierius, visuomenės veikėjas.
Pavardė dažniausia Kauno, Marijampolės ir Šilutės regionuose.