Lietuviškos pavardės „Lonaitis“ kilmė siejama su žodžiu lonas (tarmiškai – laukinis avinas, ožys). Tai būtų patroniminis darinys, reiškiantis „Lono sūnus“.
Istorijoje žymi figūra – Adomas Lonaitis (1810–1875), vienas 1863 m. sukilimo Lietuvoje vadų. Jis buvo sukilėlių pulkininkas, organizavęs kovą Rusijos imperijos kariuomenės priešininkų.