Lietuviška pavardė, kilusi iš krikšto vardo Kunigunda (vokiškos kilmės, reiškia „giminės kova“ arba „kovotoja“). Dažniausia Vytauto Didžiojo universitete veikė Kunigonių biblioteka, pavadinta donoro Jurgio Kunigonio garbei. Jis buvo žymus teisininkas, visuomenės veikėjas ir ilgametis universiteto bibliotekos globėjas.