Kubilius kilusi iš slaviško žodžio, reiškiančio statybininką, akmenininką arba mūrininką. Pavardė Lietuvoje paplito per LDK laikus. Garsiausi jos turėtojai:
Jonas Kubilius – matematikas, ilgametis Vilniaus universiteto rektorius, žinomas dėl skaičių teorijos darbų.
Adolfas Kubilius – kunigas, disidentas, vienas Lietuvos Helsinkio grupės steigėjų.
Andrius Kubilius – politikas, buvęs ministras pirmininkas, Europos Parlamento narys.
Pavardę dažniausiai turėję lietuvių kilmės asmenys.