Pavardė „Jonkaitis“ yra patronimas, kilęs iš vardo Jonas, ir reiškia „Jono sūnus“. Lietuvių kalboje priesaga „-aitis“ tradiciškai nurodo kilmę ar priklausomybę. Žymiausias šios pavardės žmogus – istorikas, politinis veikėjas Albertas Jonkaitis (g. 1955 m.), aktyvus Lietuvos nepriklausomybės atkūrimo ir Sąjūdžio dalyvis.