Pavardė „Jonikaitis“ yra patronimas, kilęs iš vardo Jonas. Ji reiškia „Jono sūnus“ ir yra būdinga lietuviškai pavardžių sistemai. Garsiausias jos turėtojas – Mikalojus Konstantinas Čiurlionis (gimęs kaip Mikalojus Konstantinas Jonikaitis), pasaulinio garso lietuvių dailininkas ir kompozitorius.