Lietuviška vyriška pavardė, kilusi iš vardo Jokūbas (hebrajų Jakovas) su priesaga „-ėnas“, nurodančia kilmę ar paveldėjimą. Reiškia „Jokūbo sūnus“ arba „iš Jokūbo (giminės)“. Žymiausias jos turėtojas – Arvydas Jokūbėnas, Lietuvos krepšininkas, žaidęs Kauno „Žalgiryje“ ir nacionalinėje rinktinėje, vėliau – verslininkas.