Pavardė „Jakubenis“ yra patroniminė, kilusi iš vardo Jokūbas. Tai lietuviška pavardės forma, nors gali būti ir susijusi su lenkiška ar baltarusiška pavardžių tradicija (pvz., Jakubėnas).
Įžymūs žmonės:
- Henrikas Jakubėnas – Lietuvos architektas.
- Justinas Jakubėnas – Lietuvos krepšininkas.
- Kazimieras Jakubėnas – Lietuvos žurnalistas, redaktorius.
- Leonas Jakubėnas – Lietuvos teatro aktorius.
- Marius Jakubėnas – Lietuvos kompozitorius, pianistas.