Pavardė „Hermonaitis“ kilusi iš asmenvardžio „Hermanas“ (vok. Hermann), reiškiančio „kareivis“. Tai patronimas, nurodantis, jog pirmasis šios pavardės turėtojas buvo Hermano sūnus arba kilęs iš Hermanų giminės.
Istoriniuose šaltiniuose žinomas kunigas ir vienuolis Pranciškus Hermonaitis (apie 1570–1633), Lietuvos evangelikų reformatų veikėjas, rašęs pamokslus ir religinę poeziją.
Šiuolaikiniame kontekste pavardę išgarsino žurnalistas ir laidų vedėjas Mindaugas Hermonaitis (g. 1976 m.), žinomas kaip vienas žymiausių Lietuvos radijo ir TV veikėjų.