Lietuviškos pavardės „Dugnaitis“ kilmė siejama su žodžiu „dugnas“. Ji galėjo atsiradoti kaip pravardė žmogui, gyvenusiam gilumoje, daubos dugne, arba išreiškianti ryšį su tam tikra vieta. Pavardė gali būti ir priesagos „-aitis“ vedinys, nurodantis kilmę ar paveldėjimą.
Istoriniuose šaltiniuose minimas Jonas Dugnaitis, XVI a. LDK valstybinis veikėjas, Vitebsko kaštelionas.
Trumpai: pavardė kildinama iš žodžio „dugnas“, žymiausias asmuo – Jonas Dugnaitis.