Pavardė Banėlius kilusi iš asmenvardžio Banys, kuris savo ruožtu yra Benedikto trumpinys (lot. Benedictus – „palaimintasis“). Lietuvoje ši pavardė aptinkama nuo XVI a., dažniausia Aukštaitijoje.
Įžymiausias jos turėtojas – Mikalojus Banėlius (apie 1590–1665), Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės istorikas, teisininkas, Vilniaus universiteto profesorius. Jo veikalai (pvz., „Lietuvos istorija“) buvo svarbūs LDK istoriografijai.