Lietuviškos kilmės pavardė, kurią greičiausiai davė gyvenamoji vieta – nuo žodžio „bakštas“ (tamsus, niūrus žmogus arba vieta). Gali būti susijusi ir su žodžiu „bakšterėti“ (barbenti, murmėti).
Įžymūs žmonės:
- Kęstutis Bakšys – Lietuvos krepšininkas.
- Marius Bakšys – Lietuvos irkluotojas, olimpietis.
Pavardė dažniausia Lietuvoje, ypač Utenos ir Vilniaus regionuose.