Lietuviška pavardė „Bakšis“ yra patroniminė, kilusi iš slaviškos kilmės vardo Bakša trumpinio. Šaknis siejama su žodžiu „bakšyti“, kuris senovėje reiškė barti, grūmoti, taip pat galėjo rodyti į tam tikrą charakterį ar užsiėmimą.
Istorijoje žymiausias šios pavardės asmuo yra Jonas Bakšis (1893–1941), Lietuvos kariuomenės karininkas, pulkininkas, žuvęs rezistencijos kovose. Šiuolaikiniame kontekste pavardę garsina sportininkas Mantas Bakšis (g. 1998), profesionalus krepšininkas, žaidžiantis Lietuvos klubuose.