Pavardė „Aidukonis“ yra lietuviška, kilusi iš asmenvardžio „Aidukas“, o šis – iš „Aidas“. Dažniausiai siejama su žodžiu „aidėti“ (garsiai skambėti, atsigręžti aidu). Tai patroniminė pavardė, rodanti sūnų arba kitą giminės ryšį.
Žymiausias jos nešiotojas – poetas, eseistas ir vertėjas Tomas Aidas Aidukonis (g. 1970 m.), žinomas kaip Tomas Aidukas. Jis yra vienas iš žymiausių šiuolaikinės lietuvių literatūros atstovų, daugelio poezijos rinkinių ir esė autorius.
Kitas žymus asmuo – Pranas Aidukonis (1905–1956), Lietuvos karinis veikėjas, pulkininkas, partizanas.