Pavardė „Vilkenis“ yra lietuviška, kilusi iš vardo Vilhelmas (Vokietijos kilmės atitikmuo – Wilhelm). Ji reiškia „Vilhelmo sūnus“. Žymiausias jos turėtojas – Arūnas Vilkenis, Lietuvos architektas ir visuomenės veikėjas, žinomas kaip vienas aktyviausių Lietuvos nepriklausomybės atkūrimo akto signatarų.