Lietuviškos kilmės pavardė, greičiausiai kilusi iš vokiškos pavardės Wegner (reiškiančios „vežėjas“ arba „keliautojas“). Tai galėjo būti susiję su amatu ar gyvenamoji vieta.
Įžymūs žmonės su šia pavardė:
Benjaminas Vegneris – Lietuvos krepšininkas.
Vilius Vegneris – Lietuvos teatro režisierius ir pedagogas.