Lietuviška pavardė „Varunaitis“ kilusi iš vardo Varonis (lotyniškas variantas – Varro) arba Varūnas (indų mitologijos dievas). Tai patroniminė pavardė, reiškiančia „Varonio (arba Varūno) sūnus“. Dažniausiai paplitusi Lietuvoje.
Įžymūs žmonės:
Justinas Varunaitis – Lietuvos karininkas, savanoris, vienas iš 1919 m. sausio 13-osios akto signatarų.
Romas Varunaitis – žinomas Lietuvos teatro ir kino aktorius.