Lietuviškos kilmės pavardė „Varkojis“ kildinama iš žodžio varkas (reikalas, rūpestis, sumanymas) arba veiksmažodžio varkoti (rengti, tvarkyti, kurti). Ji galėtų rodyti asmenį, kuris yra sumanus, tvarkingas ar reikalų vedėjas.
Žymiausi žmonės su šia pavardė:
Giedrius Varkojis – Lietuvos futbolo žaidėjas ir treneris.
Vytautas Varkojis – Lietuvos architektas, žinomas kaip vienas Kauno autobusų stoties projektų autorių.