Pavardė „Vaitkūnaitis“ kilusi iš baltiškos kilmės, galbūt susijusi su žodžiais vaitas (valdytojas, seniūnas) arba kūnas (kūnas, asmuo), nors tikslus etimologinis ryšys nėra visiškai aiškus. Gali būti, kad ji reiškė „vaito sūnus“ arba „vaito giminės žmogus“.
Įžymūs žmonės su šia pavarde:
- Povilas Vaitkūnas (g. 1946 m.) – Lietuvos tapytojas, grafikas.
- Šarūnas Vaitkūnas (g. 1968 m.) – Lietuvos archeologas, humanitarinių mokslų daktaras.
Pavardė dažnesnė Rytų Lietuvoje (Alytaus, Vilniaus regionuose).