Pavardė „Vaičiukonis“ yra lietuviška, kilusi iš asmenvardžio „Vaičiukas“, kuris yra „Vaito“ mažybinė forma. „Vaitas“ savo ruožtu siejamas su senu bajorų pareigūnu – vaito (atsakingo už valsčiaus administravimą) vardu. Taigi pavardė galimai nurodo vaito sūnų arba kilmę iš su tuo vardu susijusios šeimos.
Žymiausias šios pavardės atstovas – Jonas Vaičiukonis (g. 1938 m.), Lietuvos teatro ir kino aktorius, ilgametis Kauno valstybinio akademinio dramos teatro atlikėjas, vaidinęs daugelyje spektaklių ir filmų (pvz., „Velnio nuotaka“, „Faktas“).