Pavardė „Vagonis“ kilusi iš lietuvių žodžio „vagonas“ (geležinkelio transporto priemonė). Ji galėjo atsirasti kaip pravardė, susijusi su geležinkelio darbu, arba kaip gyvenamoji vietovardžio forma.
Įžymūs žmonės su šia pavarde:
Marius Vagonis – Lietuvos teatro ir kino aktorius.
Tomas Vagonis – Lietuvos krepšininkas.