Pavardė „Vagneris“ yra vokiečių kilmės, kilusi iš profesijos pavadinimo – „vežėjas“ arba „kūrėjas“. Lietuvoje ji dažniausiai siejama su vokiečių kompozitoriumi Ričardu Vagneriu, kurio muzika darė įtaką kultūrai. Taip pat žinomas filosofas Hansas Vagneris ir karininkas Jurijus Vagneris. Pavardė gali būti ir lietuviška, susijusi su amatais ar vietovardžiais.