Pavardė „Šėmys“ yra lietuviška, kilusi iš asmenvardžio Šėmas, o šis – iš hebrajiško Samuelio. Gali būti susijusi su žodžiu „šėmti“ (traukti, tempti). Žymiausias jos turėtojas – Justinas Šėmys (1909–1995), kunigas, teologas, politinis veikėjas, aktyvus Lietuvos išeivijoje.