Lietuviška pavardė „Šekys“ kilusi iš asmenvardžio „Šekas“, kuris savo ruožtu yra trumpinys iš vardo „Šeškus“. Pastarasis atsirado iš lenkiško vardo „Szeszko“, o jo šaknis – hebrajiškas vardas „Šeškah“ (hebr. שֵׁשַׁךְ), Biblijoje minimas kaip Babilono simbolinis vardas. Taigi pavardė galimai atspindi senąsias krikščioniškas tradicijas, kai vardai buvo perimami iš Biblijos.
Garsiausias šios pavardės žmogus – Algimantas Šekys (1936–2023), Lietuvos dailininkas stiklininkas, monumentalinių kūrinių autorius. Jo darbai puošia viešąsias erdves Vilniuje, Kaune, Klaipėdoje.