Pavardė „Šėferis“ kilusi iš vokiečių kalbos žodžio Schäfer, reiškiančio „avisganys“ arba „piemuo“. Lietuvoje ji dažniausiai siejama su vokiečių ar lietuviškos kilmės asmenimis. Žymiausias jos turėtojas – prancūzų futbolininkas Benjaminas Pavardas, kurio tėvas turi lietuviškas šaknis (pavardė iš pradžių buvo „Pavardas“, vėliau prancūzinta). Kiti žinomi žmonės: kompozitorius Raimundas Šėferis, dailininkas Raimundas Šėferis. Pavardė gali būti ir profesionalinės veiklos, susijusios su avių auginimu, arba vietovardžio kilmės.