Lietuviška pavardė „Stonaitis“ yra patroniminė, kilusi iš vardo Stonys (savęs – iš Stanislovo). Galūnė „-aitis“ nurodo sūnų arba kilimą iš tam tikros vietos. Taigi, pavardė reiškia „Stonio sūnus“ arba „iš Stonių giminės“.
Įžymūs žmonės su šia pavarde:
Adolfas Stonaitis – Lietuvos karinis veikėjas, pulkininkas.
Arūnas Stonaitis – žinomas Lietuvas architektas.
Vladas Stonaitis – literatūrologas, vertėjas.