Lietuviškos pavardės „Stepanonis“ kilmė siejama su krikšto vardu Steponas (iš graikų kalbos – „karūna, vainikas“). Tai patroniminė pavardė, reiškianti „Stepono (sūnus)“. Istoriškai tokios pavardės atsirado kaip pravardės, nurodančios tėvo vardą.
Žymiausias jos nešiotojas – Antanas Stepanonis (g. 1939 m.), Lietuvos teatro režisierius, ilgametis Kauno valstybinio muzikinio teatro režisierius, pastatęs daugiau nei 100 spektaklių.