Pavardė „Spalgena“ yra lietuviška, kilusi iš žodžio spalga („spalva“) arba spalgena („spalvotas, margas“). Tai galbūt buvo pradinė asmenų ar vietovių charakteristika, nurodanti ryšį su spalvomis, raštu ar išvaizda.
Istoriniuose šaltiniuose minimas Jonas Spalgena (XVI a.), Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės valstybinis veikėjas, Vitebsko vaivada ir Trakų tijūnas.
Trumpai: pavardė kilusi iš spalvų ar rašto apibūdinimo, žymiausias asmuo – Jonas Spalgena.