Pavardė „Silkauskis“ yra lietuviška, kilusi iš asmenvardžio „Silka“ arba „Silkis“, galimai susijusi su žodžiu „šilkas“ (plaukuotas, švelnus). Gali būti kilusi iš pravardės, nurodančios žmogaus išvaizdą ar veiklą. Žymiausias jos turėtojas – Kazys Silkauskas (1894–1943), Lietuvos karinis veikėjas, pulkininkas, žuvęs rezistencijos kovose. Pavardė reta, daugiausia aptinkama Lietuvoje.