Pavardė „Seginas“ yra patroniminė, kilusi iš vardo Segė (Segis). Lietuvių kalboje ji siejama su žodžiu „segu“ – seniau reiškiančiu „pasekęs, palydovas“. Tai gali rodyti istorinį ryšį su asmeniu, kuris buvo kitų palydovas ar sekėjas.
Istorijoje žymių asmenų su šia pavarde nėra daug, tačiau ją turėjo kelios Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės bajorų giminės. Pavardė minima XVI–XVII a. dokumentuose, pavyzdžiui, Jonas Seginas – 1599 m. LDK kariuomenės rotmistras.