Pavardė „Sabonaitis“ yra lietuviška, kilusi iš asmenvardžio „Sabonas“ (galbūt iš lenk. „Soban“) su priesaga „-aitis“, nurodančia sūnų arba kilmę. Tai patroniminė pavardė, reiškianti „Sabono sūnus“.
Istorijoje žymiausias šios pavardės žmogus – Antanas Sabonaitis (1883–1953), Lietuvos karinis veikėjas, pulkininkas, vienas Lietuvos kariuomenės kūrėjų, aktyvus kovotojas už nepriklausomybę.