Pavardė „Sabastijonskis“ yra lietuviška, kilusi iš krikšto vardo Sebastianas (lot. Sebastianus). Ji reiškia „Sebastijano sūnus“ arba „kilęs iš Sebastijono“, nurodant tėvavardžio ar protėvio ryšį. Pavardėje priesaga „-skis“ būdinga lietuvių pavardėms, dažnai siejama su bajoriška kilme ar tam tikru regionu.
Istoriniuose šaltiniuose minimas bajoras Jokūbas Sabastijonskis, gyvenęs XVII a. Šiuolaikinių garsių žmonių su šia pavarde nėra plačiai žinomų.