Pavardė „Ragainis“ yra kilusi iš Ragainės (dabar Nemanas, Rusijoje) vietovardžio. Tai yra viena iš lietuviškų pavardžių, sudarytų pridedant priesagą „-is“ prie geografinio objekto pavadinimo, ir nurodo asmens kilmę iš tos vietos.
Istorijoje žymiausias šios pavardės žmogus yra Vydūnas (tikrasis vardas Vilhelmas Storosta, 1868–1953), lietuvių vokiečių filosofas, rašytojas ir kultūros veikėjas, kuris savo literatūriniu pseudonimu pasirinko „Vydūnas-Ragainis“, pabrėždamas ryšį su gimtąja Ragainės krašta.