Lietuviškos pavardės „Pyragius“ kilmė siejama su žodžiu „pyragas“. Tai priesagos „-ius“ pridėjimu sudaryta pavardė, rodanti, kad asmuo ar jo protėviai galėjo būti kepėjai, pyragų gamintojai arba garsėję pyragų gaminimu. Pavardė gali būti kilusi iš pravardės.
Istorijoje žymiausias šios pavardės asmuo – Martynas Pyragius (Martin Pyragius, apie 1565–1641), Mažosios Lietuvos lietuvių raštijos veikėjas, vienas pirmųjų lietuviškų knygų vertėjų ir leidėjų Karaliaučiaus akademijoje. Jis dalyvavo rengiant ir leidžiant svarbius religinius tekstus lietuvių kalba.