Lietuviškos kilmės pavardė „Pupkis“ yra priesagos -kis vedinys nuo žodžio pupà (ankst. „pupelė“). Galėjo kilti kaip pravardė žmogui, susijusiam su pupų auginimu, arba tiesiog kaip asmenvardis iš augalo pavadinimo.
Žymiausi žmonės su šia pavardė:
– Kęstutis Pupkis (g. 1957), Lietuvos teatro režisierius, pedagogas.
– Vytautas Pupkis (1934–2023), Lietuvos architektas.