Pavardė „Prūsaitis“ yra kilusi iš etnonimo „prūsas“, nurodanti kraštą ar kilmę iš Prūsijos. Lietuvoje ji siejama su istoriniu regionu, kuris buvo tarp Lietuvos ir Lenkijos. Garsiausi jos turėtojai – broliai archeologai Adolfas ir Vladimiras Prūsaičiai, ypač žinomi dėl tyrimų prie Kernavės.